实务操作中，很多企业通过一次性或者分次收购股权的方式，取得开发土地，在通过股权收购方式取得土地的过程中，因总局政策不明朗，所以各地税务在执行过程中存在不一致的现象。

  国家税务总局只是针对个别的通过转让股权方式取得土地使用权的情形出具了相关问题的批复，我们最熟悉的国税函[2000]687号文件《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源(钦州)实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

  还有国税函[2011]415号《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》经研究，同意你局关于“北京国泰恒生投资有限公司利用股权转让方式让渡土地使用权，实质是房地产交易行为”的认定，应依照《土地增值税暂行条例》的规定，征收土地增值税。

  但是并未针对该交易行为出具明确的文件，在实务操作中存在两种情况：

  一、通过股权交易取得土地，并未缴纳土地增值税

  有部分企业通过分次转让股权的形式取得土地，但是由于各地税务局政策不一，很多地区并未针对该交易行为缴纳土增税，所以项目公司开发建设完成后，进行土地增值税清算时，本文观点认为按照土地原始价值作为可扣除金额。主要原因有以下两点：

  1、股权收购方作为收购主体，虽然取得项目公司的100%控制权，但是土地使用权依然在项目公司名下，所以项目公司名下核算的土地成本依然是取得土地时的最初原始价值。

  2、由于税务机关并未将该交易行为，认定为转让土地使用权的行为，而征收土地增值税，所以在第一次交易时未征收土增税，故项目清算时应该按照土地原始价值作为可扣除金额。

  二、通过股权交易取得土地，按照转让不动产缴纳土增税

  但有部分企业，虽然是通过股权转让取得的土地使用权，但是按照交易的实质，企业进行了项目的土地增值税清算，缴纳了土地增值税。清算时按照土地评估价值(作为清算收入)减去土地原始价值(作为可扣除金额)计算增值额、增值率，计算缴纳土地增值税。

  这种情况下，虽然项目公司的土地成本账面价值依然为原始价值，但是，项目开发建设完成后，再次进行土增清算时，由于第一次交易行为虽然表面为股权交易，但是企业和税务统一按照实质重于形式的原则，按照转让土地使用权的行为缴纳和征收了土地增值税，故本文观点认为，既然进行了第一次的土地增值税清算，所以再次开发结束后，进行二次土增清算时，应按照第一次土地评估价值作为本次清算土地可扣除金额。