一、利息扣除标准不同

企业所得税：

根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十七条、第三十八条的规定：向金融企业支付利息可以扣除。向非金融企业支付利息不超过同期同类企业贷款利率的部分可以扣除，超过部分不得扣除。向关联方取得借款支付的利息按照税法规定的办法扣除。

根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》(国家税务总局公告2011年第34号)的规定：

一、关于金融企业同期同类贷款利率确定问题。根据《实施条例》第三十八条规定，非金融企业向非金融企业借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分，准予税前扣除。鉴于目前我国对金融企业利率要求的具体情况，企业在按照合同要求首次支付利息并进行税前扣除时，应提供“金融企业的同期同类贷款利率情况说明”，以证明其利息支出的合理性。“金融企业的同期同类贷款利率情况说明”中，应包括在签订该借款合同当时，本省任何一家金融企业提供同期同类贷款利率情况。该金融企业应为经政府有关部门批准成立的可以从事贷款业务的企业，包括银行、财务公司、信托公司等金融机构。“同期同类贷款利率”是指在贷款期限、贷款金额、贷款担保以及企业信誉等条件基本相同下，金融企业提供贷款的利率。既可以是金融企业公布的同期同类平均利率，也可以是金融企业对某些企业提供的实际贷款利率。

土地增值税：

根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条及《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)的规定：向金融企业支付利息不超过同期同类商业银行借款利率部分可以扣除。既有金融企业借款又有非金融企业借款，或者企业未发生利息支出，可以按照土地成本与建造成本(剔除会计上已资本化的利息)之和的5%扣除利息。此外，《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)文件规定，对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除，但计算企业所得税时允许扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条(一)、(二)项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。

二、其他开发费用扣除标准不同

企业所得税：

根据《中华人民共和国企业所得税法》及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》规定：企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。费用包括销售费用、管理费用和财务费用。

当然这里还有限额扣除的业务招待费(60%与收入的0.005孰低)、广告费和业务宣传费(15%)、职工福利费(14%)、职工教育经费(8%)、工会经费(2%)、党组织工作经费(1%)、补充养老、医疗保险(5%)、手续费和佣金支出(5%、境外10%)等

土地增值税：

根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条及《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)的规定：其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10%以内计算扣除。

三、土地闲置费扣除标准不同

企业所得税：根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)规定,土地闲置费计算企业所得税时可以扣除。

土地增值税：根据《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)规定，土地闲置费计算土地增值税时不得扣除。

四、营销设施建造费扣除标准不同

企业所得税：

根据《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)规定,开发间接费包含项目营销设施建造费等。

土地增值税：

根据《土地增值税暂行条例实施细则》的规定，开发间接费用不含项目项目营销设施建造费。

五、预提费用扣除标准不同

企业所得税：

企业所得税汇算清缴时，可以按规定预提三项费用。《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》(国税发[2009]31号)第三十二条规定，出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%;公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用;应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。

土地增值税：

根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第四条第四项规定,房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。

六、加计扣除

企业所得税清算时不存在加计扣除;土地增值税清算，根据《土地增值税暂行条例实施细则》规定,从事房地产开发的纳税人可以享有加计扣除。