根据《中华人民共和国种子法》规定，所称种子，是指农作物和林木的种植材料或者繁殖材料，包括籽粒、果实、根、茎、苗、芽、叶、花等。食用菌菌种也属于种子的一种，生产的菌棒是将食用菌菌种移植在菌棒内，仍属于种子范畴。

在增值税上，《财政部 国家税务总局关于农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税〔2001〕113号）第一条规定，“批发和零售的种子”免征增值税。另据《国家税务总局关于制种行业增值税有关问题的公告》（国家税务总局公告2010年第17号）规定，制种企业在下列生产经营模式下生产销售种子，属于农业生产者销售自产农业产品，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例》有关规定免征增值税：一、制种企业利用自有土地或承租土地，雇佣农户或雇工进行种子繁育，再经烘干、脱粒、风筛等深加工后销售种子。二、制种企业提供亲本种子委托农户繁育并从农户手中收回，再经烘干、脱粒、风筛等深加工后销售种子。在实务中，有的地方税务机关对企业生产销售的菌棒比照销售自产农业产品免征增值税。具体要咨询当地主管税务机关。

在企业所得税上，根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十六条的规定，企业从事农作物新品种的选育的所得，免征企业所得税。以及《国家税务总局关于实施农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠问题的公告》（国家税务总局公告2011年第48号）规定，企业从事农作物新品种选育的免税所得，是指企业对农作物进行品种和育种材料选育形成的成果，以及由这些成果形成的种子（苗）等繁殖材料的生产、初加工、销售一体化取得的所得。因此，生产销售菌棒所实现的所得应免征企业所得税。