第一步 症状分析

A公司成立于2012年7月，注册资本12000万元，主要从事房地产开发经营业务。2018年8月A公司以招拍挂方式取得一块4000平米的国有土地使用权，合同约定土地出让金金额为5000万元，市政建设配套费160万元。2018年10月A公司取得该土地使用权证，在开发中又发生拆迁补偿款1000万元，支付安置补助费400万元。2019年8月，A公司所开发的房地产项目经批准调整容积率，补缴土地出让金1000万元，由此增加市政建设配套费32万元。

A公司的李会计进行契税纳税申报时，以土地出让金5000万元、市政建设配套费160万元为契税计税依据缴纳契税206.4万元。

病因确定：A公司在办理土地使用权证后，又发生的属于契税计税依据范围内的土地出让金和相关费用，未按规定申报缴纳契税。

第二步 诊断意见

根据《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）的规定，出让国有土地使用权的，其契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。

其中，“以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。”“以竞价方式出让的，其契税计税价格，一般应确定为竞价的成交价格，土地出让金、市政建设配套费以及各种补偿费用应包括在内。”

由上可知，房地产开发企业在开发过程中支付的拆迁补偿款 、安置补助费均应作为成交价格的一部分，计入土地使用权的契税计税依据中。对于提高出让合同约定的建筑容积率，增加建筑面积，补缴的土地出让金及相应增加的市政建设配套费也应作为契税的计税依据缴纳契税。

在这个案例中发现，企业会计人员因对取得土地成交价格的具体认定政策理解有误，没有按照应支付的金额计税，且对于拿地后续发生的费用没有及时申报纳税，导致出现少缴契税的情况。

因此，A公司应缴纳的契税计税依据应为土地出让金5000万元、市政建设配套费160万元、拆迁补偿款1000万元、安置补助费400万元、补缴的土地出让金1000万元、由此增加的市政建设配套费32万元。

A公司应缴纳的契税：（5000+160+1000+400+1000+32）×4%=303.68万元

最终结论：A公司契税计税依据7592万元，应缴纳契税303.68万元，需补缴97.28万元。

第三步 处方建议

该案例通过房地产企业的税务咨询，简单归纳总结了易发的契税问题。房地产企业契税的计税依据较为复杂，纳税人应该明确：按照相关税收法律法规规定，税务机关在房地产开发企业办理土地证时，已经征收契税。但在实际开发过程中，可能存在后续发生拆迁补偿费、安置补助费、增加容积率后补缴的土地出让金及相应增加的市政建设配套费等费用，按照契税的计税依据——应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益，要及时申报缴纳。

其中还要注意一点，根据《国家税务总局关于免征土地出让金出让国有土地使用权征收契税的批复》（国税函〔2005〕436号）的规定，对承受国有土地使用权所应支付的土地出让金，要计征契税。不得因减免土地出让金而减免契税。如果政府给企业减免了部分土地出让金，也要按照合同约定的土地出让金作为计税依据。

企业在相关政策的把握运用上，必须做到全面细致。对于最新政策要及时学习，细致研究。如果遇到不确定的税务问题应及时咨询税务部门或者拨打12366纳税服务热线，规范纳税行为，降低涉税风险。