一般来说专项资金是指财政部门或上级单位拨给行政事业单位，用于完成专项工作或工程，并需要单独报帐结算的资金。政府拨入的投资补助等专项拨款中，国家相关文件规定作为“资本公积”处理的，属于资本性投入的性质。

一、财政拨入专项资金的会计处理。政府作为企业所有者投入具有专门用途的资金作为“专项应付款”核算。企业收到政府拨入的专项资金时，借记“银行存款”，贷记“专项应付款”；企业将专项的拨款用于工程项目时，借记“在建工程”，贷记“银行存款”等；企业待工程项目完工形成长期资产时，应按实际成本，借记“固定资产”等科目，贷记“在建工程”等科目，同时借记“专项应付款”，贷记“资本公积——资本溢价”；对未形成长期资产需要核销的部分，借记“专项应付款”，贷记“在建工程”。拨款项目完成后，如有拨款结余需要上交的，借记“专项应付款”科目，贷记“银行存款”科目；如拨款结余不需要上交的，借记“专项应付款”科目，贷记“公积公益金”科目。

二、财政拨入专项资金的企业所得税处理。政府拨入专项资金在“专项应付款”中核算，为国家作为所有者的权益性投资，根据《财政部 国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）规定，企业取得的各类财政性资金，除属于国家投资和资金使用后要求归还本金的以外，均应计入企业当年收入总额。故财政拨入专项资金属于投资性投入，不属于企业所得税应税收入，投入形成的资产相应计提折旧也是可以税前扣除的。

在会计上来说，企业取得的国家的资本性投入，也是不将其计入到损益类科目的，企业所得税和会计的处理原则一致。注意：政府拨入的投资补助等专项拨款中，相关文件要明确作为国家资本性投入。