案例：A公司于2020年度企业所得税年度申报时，对未取得发票的部分进行了纳税调整。于2024年取得了发票，根据规定，取得发票后，应追溯所属年度进行税前扣除。经追溯调整后，涉及应退还企业所得税。但此时缴纳的企业所得税已超过三年，纳税人是否既不能提出退税申请，也不能抵缴以后年度的应缴企业所得税呢？

首先，根据《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）规定：企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。因此，企业在费用发生年度的汇算清缴前仍没有取得发票的，相应已扣除的成本费用在年度企业所得税申报时应当进行企业所得税纳税调整。

其次，《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。并且《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》规定：税务机关发现纳税人多缴税款的，应当自发现之日起10日内办理退还手续；纳税人发现多缴税款，要求退还的，税务机关应当自接到纳税人退还申请之日起30日内查实并办理退还手续。

对上述规定有两种理解：一种理解是看是谁先发现多缴税款：税务机关发现，立即退还，不存在期限限制；纳税人发现的，三年内可以申请退还，并且按照银行同期存款利率加算利息，超过法定的三年退税申请期限，无法申请退税。另一种理解：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还”，也就是只要是纳税人超过应纳税额，多缴纳的税款，都应该退还。“纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息”是对应着纳税人要求加算银行利息的权利；纳税人在三年内发现多缴税款，可以在要求退还多缴的税款之外，按照银行同期存款计息的方式加算利息；超过三年发现，只能要求退税而不再加算银行利息。

从上述两种观点，后者观点不符合立法的本意。与三年能退税期限相呼应的是《税收征管法》第五十二条关于三年追征期的规定：“因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年”退税期限和追征期相呼应体现了征纳双方平等的原则。为更好地保障纳税人申请退税的权利，2015年公布的《税收征管法》修订草案（征求意见稿）第八十五条已将纳税人申请退税请求权期限修改为五年。该条款规定：纳税人超过应纳税额缴纳的税款，自结算缴纳税款之日起五年内可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还。

但对企业以前年度实际发生的应扣未扣的成本费用由此引起的多缴企业所得税并不适用征管法“三年”的限制。如果论“发现”的时间，纳税人“发现”多缴企业所得税应当在未取得发票时就已经“发现”，至于未来是否能够取得发票是不确定事项。《中华人民共和国企业所得税法》 (中华人民共和国主席令第63号)第十八条规定：“企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。因此，《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。亏损企业追补确认以前年度未在企业所得税前扣除的支出，或盈利企业经过追补确认后出现亏损的，应首先调整该项支出所属年度的亏损额，然后再按照弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税款，并按前款规定处理。也就是说，对企业以前年度实际发生的应扣未扣的成本费用只能向前追补5年，超过5年应扣未扣的成本费用不再追补，由此形成的多缴企业所得税既不能提出退税申请，也不能抵缴以后年度的应缴企业所得税。