独立核算与非独立核算方式均为会计概念，采取哪一类会计核算方式应由纳税人执行根据实际情况确定，税务机关对此没有要求。对于‌建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部，‌其经营收入、‌职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，‌由二级分支机构按照规定预缴企业所得税。‌而对于总机构直接管理的跨地区设立的项目部，‌应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，‌并由项目部向所在地主管税务机关预缴。‌

《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二十四条规定：以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。

现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算并缴纳企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。由于分支机构不具有法人资格，除视同独立纳税人缴税的二级分支机构外，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款。如果分支机构符合国家税务总局公告2012年第57号第二十四条规定，视同独立纳税人就地预缴企业所得税。如果分支机构不属于上述视同独立纳税人情形，则需要按照《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定：居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。因此，建筑公司下设的二级分支机构是否独立核算，不影响企业所得税汇总缴纳，一般情况下分支机构应汇总纳税，只有无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。

注意：即便分支机构视同独立企业所得税纳税人，在确定分支机构是否可以享受小型微利企业优惠，仍然是总分支机构“汇总”确认是否符合小型微利企业条件，进而确认是否可以享受“六税两费”和企业所得税优惠。当然，如果分支机构是小规模纳税人的，可以享受六税“两费”优惠。

有人会问：开了发票不申报，增值税申报表比对能通过吗？其实《增值税纳税申报比对管理操作规程（试行）》（税总发〔2017〕124号)在设置比对规则的时候已经把不征税的销售额排除在外了。具体比对规则就是，当期开具发票（不包含不征税发票）的金额、税额合计数应小于或者等于当期申报的销售额、税额合计数。所以开了不征税发票不申报也不用担心比对不通过的问题。

注意：如果属于需预缴增值税的情形，需填报《增值税预缴税款表》预缴增值税。比如：房地产企业销售自行开发的房地产开具的602“销售自行开发的房地产项目预收款”的不征税发票对应的预收款，以及纳税人提供建筑服务开具的612“建筑服务预收款”的不征税发票对应的预收款，需填报《增值税预缴税款表》。