企业所得税法及其实施条例引入了成本分摊协议条款，对成本分摊协议的适用范围、成本分摊协议如何遵循独立交易原则、对不符合规定的成本分摊协议的税收处理等三个方面的内容作出了规定。从执行的角度看，企业所得税法的规定较为宽泛，成本分摊协议包含哪些基本内容，协议发生变更、终止应作出哪些处理，协议在执行期内涉及哪些税政问题，是否要准备以及如何准备同期资料等都没有明确。为此，《办法》第七章做了进一步规范，为成本分摊协议的实践操作提供了基本依据。

　　首先，进一步明确了成本分摊协议的适用范围（《办法》第64、67条）。成本分摊协议是企业及其关联方为共同开发、受让无形资产，或者共同提供、接受劳务而签署的协议。对开发、受让何种无形资产，《办法》没有限定，但对共同提供、接受的劳务一般限制为集团采购和集团营销策划。

　　其次，对成本分摊协议的基本内容作出规定（《办法》第68条）。成本分摊协议是针对未来活动发生的成本如何在各方之间分摊而达成的协议，通常应包括参与方的基本情况及其权利、义务，成本分摊涉及的无形资产及劳务的内容、范围、承担者，参与方对预期收益的估算及成本与预期收益间的联系，参与方成本支付的金额、形式，何种情况下进行参与方之间的补偿调整，参与方发生变更如何处理等10个方面的内容。参与方是成本分摊协议的主体，协议的基本内容都是围绕参与方的权利、义务展开的，所谓权利就是对“开发、受让的无形资产或参与的劳务活动享有受益权”，义务就是“承担相应的活动成本”，参与方的“受益权”实际上就是经济所有权，虽然该资产的法定所有权可能仅归属于某一参与方，但其他参与方在协议规定的范围内使用该资产，不需要向任何一方支付特许权使用费或其他费用。应当注意的是，成本分摊协议的研发或劳务活动承担者不等同于参与方，承担者可能是参与方之外的第三方，仅提供研发或劳务活动，对活动成果没有经济所有权，按提供劳务的成本向参与方收取劳务费用，因此界定参与方的关键要看其是否对协议成果享有受益权并承担相应的活动成本。

　　第三，对成本分摊协议下的独立交易原则进一步解释（《办法》第65、66条）。成本分摊协议是否符合独立交易原则要从两个方面衡量：一是成本分摊协议本身是否具有商业意义，参与方之所以签署成本分摊协议是因为协议能够为其带来成本节约或收入增加，如果没有这个前提，成本分摊协议就不是自由竞争环境下市场经济主体的选择，因此《办法》明确规定参与方对“成本分摊协议所涉及无形资产或劳务的受益权应有合理的、可计量的预期收益，且以合理商业假设和营业常规为基础”。可计量的预期收益以及使预期收益与发生的成本之间有密切联系的恰当的成本分配指标，则需要根据每一个成本分摊协议的内容和特点而定。二是成本分摊协议各主体的权利义务是否匹配，如前所述成本分摊协议具有独特性，很难找到可比对象，判断其是否符合独立交易原则只能参考独立企业在类似条件下能够接受的选择，独立企业之间的竞争关系使彼此间的权利义务必然相当，因此《办法》规定参与方“享有受益权，并承担相应的活动成本。关联方承担的成本应与非关联方在可比条件下为获得上述受益权而支付的成本相一致。”实践中，直观的判断可能是将参与方成本负担比例与收益享有比例进行比较，但成本分摊协议是长期的，参与方实际收益的实现时间、实现额度与预期不可能完全相符，成本比例与收益比例在不断变化，是按年度进行比较还是按一段期限进行比较，《办法》未做规定，需要实践积累后明确。

　　第四，对参与方变更、协议终止、补偿调整等做了细化（《办法》第70、71条）。《办法》强调，对已执行并形成一定资产的成本分摊协议，如某项无形资产的开发已取得阶段性成果，此时有新加入者要进入该成本分摊协议，就要按照公平交易原则，由新加入者给予原参与方一定金额的补偿，因为这种情况下原参与方向新加入者让渡了前期活动成果的一部分利益，这在《办法》中被称为“加入支付”。相反，如果有参与方要退出该成本分摊协议，也应当从其他参与方获得合理补偿，因为退出者向其他参与方转让了其在前期活动成果中的利益，这在《办法》中被称为“退出补偿”。同样，协议终止时也会出现类似情况，要按独立交易原则对协议产生的资产在参与方之间进行分配。当然，如果成本分摊协议没有形成资产，也就不存在“加入支付”、“退出补偿”及终止时的分配。实践中，对成本分摊协议形成资产的估价往往涉及无形资产评估，相当复杂。补偿调整是针对参与方预期收益与实际收益差异较大而作出的处理，参与方的成本分摊是根据其预期收益而定的，但预期收益的估算与实际结果可能大相径庭，导致某参与方的成本负担比例大大高于或低于其收益享有比例，此时就需要在参与方之间作出补偿调整，增加支付者成本，减少接受者成本，使各参与方的成本负担比例与收益比例相一致。实践中，预期收益与实际收益总会出现差异，差异多大需要进行补偿调整，以及在多长期限内衡量差异，《办法》未加明确，仅做了“应根据实际情况作出补偿调整”的原则性规定。

　　第五，对成本分摊协议涉及的税政处理加以明确（《办法》72、75条）。成本分摊涉及的税政处理包括当期税前扣除、资产购置与处置。税前扣除包括两项内容：一是企业按协议规定分摊的研发费用或劳务费用，可以在协议规定的各年度做税前扣除；二是企业在作出或接受补偿调整的情况下，《办法》明确在补偿调整的年度计入应纳税所得额，即对于作出补偿的企业允许税前扣除，对于接受补偿的企业增加应税所得。资产购置与处置主要针对无形资产类成本分摊协议，当企业作出“加入支付”时，按购入资产处理，接受“退出补偿”时，按资产处置处理。终止协议时对协议成果的分配可能并不体现在账面资产，而是对资产经济所有权的确认，因为在协议分摊各年度已做了费用化处理。鉴于成本分摊协议既涉及税政处理又涉及特别纳税调整，《办法》将两者结合，特别指出在5种情况下，企业分摊的成本不得税前扣除，其中前3条都属于不符合独立交易原则的成本分摊，后2条则是对不符合管理要求的限制。