《关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 ）对企业境外所得税收抵免有关问题作出较为详细的规定，包括：企业境外所得和境外所得税额的确定、境外所得税的直接抵免和间接抵免的条件、计算，以及简易办法等。财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文是新企业所得税法的一个重要配套文件。
　　一、政策背景
　　（一）配合“走出去”战略，解决跨国企业双重征税
　　在我国企业“走出去”和部分在中国境内设立机构、场所的非居民企业的经营过程中，采取抵免法能有效消除对企业的重复征税。这也是各国的通行做法。抵免法兼顾了居民国与收入来源地国的税收权益，是联合国和经济合作与发展组织（OECD）税收协定范本最为认可的消除双重征税方法。我国企业所得税法和财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文沿用并完善了这一方法。
　　（二）细化境外所得税抵免，保障纳税人利益
　　企业所得税法及其实施条例在直接抵免的基础上增加了间接抵免的有关规定，建立起了包括分国不分项、直接抵免和间接抵免等在内的境外所得税抵免制度。但有些规定较为原则，具体操作办法的缺失导致税务机关和纳税人操作上的难题，财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文细化和明确了境外所得税抵免的相关问题，使纳税人和税务机关的操作有的放矢，有利于在维护国家税收权益的同时，保障纳税人的利益。
　　二、财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文的主旨
　　财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文的主旨是如何确定与计算企业抵免境外所得税以及实际应纳所得税额。把握政策还应注意以下几个原则：
　　首先，我国实行的是限额抵免，即：当期抵免以抵免限额为限，超限额的只能用次年起5个年度的抵免限额余额进行抵补。限额抵免可以防止外国的高税率“侵蚀”本国税源。
　　其次，我国实行的是分国不分项的限额抵免。也就是说，在境外所得、境外所得税额和抵免限额的计算上区分国别（地区），各国（地区）间的盈亏、抵免限额都不能互抵。
　　再次，我国实行直接抵免的同时，还实行间接抵免。但有一定的控股条件——20%，并且限定在三个层级。
　　最后，出于方便征纳的考虑，设置了简易办法。此外，对收入实现时间、纳税年度等时间因素作出了较为详细的界定。
　　三、政策要点与操作需注意事宜
　　（一）境外所得额的确定
　　1．强调了不具有独立纳税地位的中国居民企业境外分支机构的境外所得，不论是否汇回，均应计入该居民企业的应纳税所得额，并且按企业所得税法及其实施条例的有关规定确定各项收入、支出。
　　2．居民企业来源于境外的股息、红利等权益性投资收益，以及利息、租金、特许权使用费、转让财产等收入，扣除按照企业所得税法及其实施条例等规定的各项合理支出后的余额为应纳税所得额。非居民企业在境内设立机构、场所的，其发生在境外但与境内所设机构、场所有实际联系的各项应税所得按照同样规定计算。
　　3．明确了企业为取得境内、境外所得而在境内、境外发生的共同支出，应按合理比例进行分摊。但不具有独立纳税地位的分支机构的亏损，不得抵减其境内或他国（地区）的应纳税所得额，可以用同一国家（地区）其他项目或以后年度的所得按规定弥补。
　　（二）可抵免境外所得税税额
　　1．第四条明确了“可抵免境外所得税税额”的概念：企业来源于中国境外的所得依照中国境外税收法律以及相关规定应当缴纳并已实际缴纳的企业所得税性质的税款。并采用列举法，列举六项不包括在内的所得税税款。
　　2．第七条明确了税收饶让——免税或减税的数额，按照税收协定规定应视同已缴税额在中国的应纳税额中抵免的，可办理税收抵免。（见例2）
　　3．企业应注意了解税收协定和所得来源国（地区）相关税法，按照规定及时、足额缴纳税款，但也应当防止多缴、错缴。因为错征、错缴或不应征收的所得税税款，和因少缴、迟缴境外所得税而追加的利息、滞纳金或罚款都无法获得抵免。这将加重纳税人的税收负担。当遇到错征、错缴时应及时与当地税务部门、司法部门联系复议、诉讼等事宜；如遇到被课征按照协定不应征收的税收，还可以申请启动税收协定的相互协商程序，由国家税务总局有关部门出面协商，避免损失。
　　4．注意保留相关证明材料。在税收饶让的情况下，主管税务机关将要求企业提供在境外享受减免税的情况说明和证明资料，缺乏相关证明材料将不能享受税收饶让。
　　（三）间接抵免
　　财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文第五条、第六条明确了间接抵免的条件：一是居民企业直接或者间接持有20%以上股份的外国企业。其中“一个或多个符合本条规定持股条件的”外国企业，应理解为被居民企业或上一层企业持股合计达20%的外国企业。二是限于三个层级。
　　例1：我国居民企业X直接持有A国外国企业Y20%的股份，X直接持有B国外国企业Z10%的股份，Y企业直接持有Z企业20%的股份，居民企业X直接或间接持股Z企业合计为多少？
　　按照政策要求，应该为：10%＋20%×20%＝14%。
　　因此，Z企业不符合间接抵免条件。
　　操作中需注意：
　　协定优先——“中华人民共和国政府同外国政府订立的有关税收的协定与本通知有不同规定的，依照协定的规定办理”。因此，应当注意查阅我国与相关国家缔结的税收协定。例如：是否适用税收饶让；财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文间接抵免的条件20%，但协定规定的可能是10%.此外，税收协定对股息等所得的适用税率也有优惠。
　　（四）抵免限额
　　1．财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文第八条明确了抵免限额的计算公式，公式中：计算境内外应纳税总额的税率为25%（除国务院财政、税务主管部门另有规定外）；境内、境外应纳税所得总额小于零的以零计算，当期抵免限额也为零。
　　2．财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文第九条可以理解为确定企业当年实际应抵免的境外所得税额采取“孰小原则”：即为境外所得税额与抵免限额较小者，并明确了超过限额部分只能用次年起5个年度的抵免限额余额抵补。
　　例2：我国居民企业X境内应纳税所得1000万元，A国分支机构Y应纳税营业所得400万元，A国企业所得税税率为20%。假设，A国给予Y免税待遇，且两国签订的税收协定有饶让条款。B国分支机构Z应纳税营业所得300万元，B国企业所得税税率40%。
　　（1）A国境外所得税收抵免：
　　饶让情况下：
　　抵免限额：1700万元×25%×400万元÷1700万元＝100万元
　　可抵免所得税税额：400万元×20%＝80万元（视同已缴纳）
　　实际应抵免：80万元（80万元<抵免限额100万元）
　　非饶让情况下：
　　实际应抵免：0万元
　　（2）B国境外所得税收抵免：
　　抵免限额：1700万×25%×300万元÷1700万元＝75万元
　　境外所得税额：300万×40%＝120万元
　　当期实际应抵免：75万元（抵免限额75万元<120万元）
　　可用次年起5年内抵免限额余额抵补：120万元－75万元＝45万元
　　（3）税收饶让情况下，当期企业实际应纳所得税额＝1700万元×25%－80万元－75万元＝270万元
　　（五）简易办法
　　财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文第十条规定了两种可以采取简易办法的情况，但仅适用于“企业从境外取得营业利润所得以及符合境外税额间接抵免条件的股息所得”：
　　1．所得来源国（地区）法定税率且实际有效税率明显高于我国的，抵免限额＝境外应纳税所得额×我国企业所得税法规定的税率。同时给出了法定税率明显高于我国的境外所得来源国（地区）名单。
　　2．企业从境外取得营业利润所得以及符合境外税额间接抵免条件的股息所得，虽有所得来源国（地区）政府机关核发的具有纳税性质的凭证或证明，但因客观原因无法真实、准确地确认应当缴纳并已经实际缴纳的境外所得税税额的，除就该所得直接缴纳及间接负担的税额在所得来源国（地区）的实际有效税率低于我国企业所得税法第四条第一款规定税率50%以上的外，可按境外应纳税所得额的12．5%作为抵免限额，企业按该国（地区）税务机关或政府机关核发具有纳税性质凭证或证明的金额，其不超过抵免限额的部分，准予抵免；超过的部分不得抵免。
　　操作中注意：一是选择简易办法时，应慎重权衡。因为选择简易办法后，超抵免限额部分将不再允许抵免，也不得用以后年度抵免限额余额抵免。这意味着纳税人会因此放弃一部分税收抵免的利益。二是简易办法需事先由企业申请，经主管税务机关核准。三是尽力保证凭证能真实，准确反映境外所得税额，避免简易办法可能带来的抵免限额低于实际可获得的抵免限额的损失。
　　例3：接例2，假定A国对Y没有免税待遇，Y的凭证不能准确反映境外所得税额，所以X选择简易办法。
　　凭证准确时应抵免：400万元×20%＝80万元，小于抵免限额，可据实抵免。
　　简易办法时应抵免；400万元×12.5%＝50万元，比据实抵免少抵免80万元－50万元＝30万元。
　　（六）纳税年度
　　这主要解决各国纳税年度起始、结束日期不同的问题，如中国、日本等国纳税年度为每年1月1日至12月31日，印度纳税年度为每年4月1日至次年3月31日等。
　　（七）通知执行与税款补缴
　　财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文自2008年1月1日起执行。这对2008纳税年度境外所得税收抵免具有追溯力，可能对2008年度有境外所得税收抵免产生影响，如企业因为政策调整而少缴企业所得税税款的，依据税收征管法第五十二条第一款规定，应补缴税款，但免予加收滞纳金。
　　此外，财 税 [ 2 0 0 9 ] 1 2 5 号 文还完善了企业实际应纳所得税额的计算公式，明确了“企业取得来源于中国香港、澳门、台湾地区的应税所得，参照本通知执行。”