某企业2012年1-5月份支付2011年工资30万元，但由于长时间不能按时支付职工薪酬等项费用，“应付职工薪酬”账户余额较大，在2013年5月份对2012年度企业所得税汇算清缴时才发现这部分工资在所属年度并没有计提记入当期的成本费用，于是直接在年度所得税纳税申报表上调减了应纳税所得额30万元，对此，主管税务机关提出异议，那么，这笔工资费用究竟应当如何在所得税前扣除呢？笔者建议应当采取以下程序与方法：
　　首先，向主管税务机关提出追补扣除申请。
　　《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条规定，企业发现以前年度实际发生、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，可以向主管税务机关提出专项申报及说明后，追补至该项目发生年度所得税前计算扣除（追补确认期限不超过5年，下同），由此多缴的税款，可在追补确认年度应纳企业所得税中抵扣，不足抵扣部分，可向以后年度递延抵扣或申请退税；盈利企业因此出现亏损或亏损企业因此增加亏损的，将所属年度的亏损额调整后，可按照弥补亏损的原则，将以后年度多缴的企业所得税款抵扣应纳税款或者向主管税务机关申请退税。但通过以往税收征管工作实践看，企业在发现有可追补扣除的工资薪金时，应先向主管税务机关提出追补扣除事项申请，注明追补扣除工资薪金的性质、应扣未扣原因、支付时的记账凭证号码、所属年度以来工资薪金计提与支付金额（必要时应提供相关账簿的复印件）等情况。
　　第二，确认追补扣除结果，向主管税务机关提交专项申报及说明。
　　按照国家税务总局公告2012年第15号规定，企业依法追补扣除以前年度应口未扣或者少扣除支出后会出现两种结果：一是多缴纳企业所得税；二是形成亏损。但具体追补扣除额要依据税法对所发生成本费用的归属来确定，因此，企业提出追补扣除申请经主管税务机关确认同意追补扣除后，还要对追补扣除的具体数额进行确认。
　　1、对属于应记入期间费用或虽应记入当期成本但截止追补期该商品（产品，下同）已经全部出售的，其支出可按费用的发生额全额扣除。
　　2、对属于应记入当期成本、截止追补期承担该项支出的部分或全部商品还未出售出去，该部分或者全部商品所负担的那部分支出额就不能在追补期内追补扣除，应记入该部分商品的成本中去。
　　3、对应当由福利费负担的支出也不应当追补扣除。
　　4、对应当由在建工程负担且尚未竣工交付使用的支出，可追记到在建工程成本中去；对已竣工交付使用且应当在以后各期所得税税前扣除的，应当按照《企业会计准则第18号——所得税》规定计算确认相关期间的递延所得税资产，对其影响额应当在资产使用期内逐年抵减应缴纳的所得税额。
　　最后，再将根据按税收规定确认的可追补扣除数额向主管税务机关做出特别申报和说明，以按照国家税务总局公告2012年第15号规定对多缴的税款或者增加的亏损进行处理。
　　例如：假设上述企业2011年度已申报应纳税所得额50万元，缴纳企业所得税12.5万元，在追补的30万元工资薪金中，有5万元属于记入期间费用的、1万元属于应由职工福利费支付的（假设该企业当年实际发生的福利费支出已超过税法规定的扣除限额）、24万元应记入生产成本，截止2011年12月份当年生产的90%商品已经售出并结转了成本，则追补扣除后该企业2011年应纳税所得额减少5＋24×90%＝26.6（万元），形成多缴纳企业所得税26.6×25%＝6.65（万元）（另10%商品应追补扣除的工资额在商品出售的所属期内扣除）；如果该企业在2011年度经申报核实体现亏损10万元，追补扣除26.6万元工资薪金后，使2011年亏损额增加到36.6万元，即增加了以后年度弥补亏损数额26.6万元。企业确认后，应当就多缴纳的6.65万元税款或增加的26.6万元亏损向主管税务机关做出特别申报和说明。
　　第三，调整账务。
　　按照企业会计准则（包括小企业会计准则，下同）要求，企业在确认实际发生的工资薪金时应当借记“生产成本”、“管理费用”、“在建工程”等科目，贷记“应付职工薪酬” 科目；实际支付时借记“应付职工薪酬”科目，贷记“现金”、“银行存款”等科目。但就上述该企业对2011年度应扣未扣30万元工资的追补扣除情况，企业对追补扣除的26.6万元应借记“以前年度损益调整”科目，贷记“应付职工薪酬”科目；对应由未出售商品负担的2.4万元，应借记“生产成本”或“库存商品”科目，贷记“应付职工薪酬”科目；对应列入职工福利费的1万元亦应借记“以前年度损益调整”，贷记“应付职工薪酬”，但不涉及所得税税前扣除问题。
　　总之，只要发生追补扣除事项，不论其追补扣除结果是多缴税款还是增加以后年度弥补亏损数额，都应先向主管税务机关提出弥补亏损申请，说明情况，经过主管税务机关同意后，确认追补扣除结果，然后再将追补扣除数额及结果向主管税务机关做出专项申报及说明，并及时与主管税务机关工作人员研究确定多缴税款退库（或抵减追补确认年度及以后年度应纳企业所得税）与增加亏损的弥补方法，使追补的支出及时得到扣除。