货物运输代理服务企业作为中间商，取得运输企业向其开具的发票，能否据以抵扣增值税进项税额，一直是运输代理行业关注的热点问题。针对这一问题，实践中存在不同的观点，那么这些观点是否有道理呢？笔者结合个人的工作经验来进行分析，供读者参考。

案例：

开具6%税率发票，取得9%税率发票

近期，运输代理企业A公司签订了某项目的代理合同。合同约定，A公司采取全权代理的模式，为客户B公司将货物从甲市运输到乙市，全权负责货物的运输、装卸、仓储，并按照代理服务，向客户全额开具适用税率为6%的增值税专用发票。在项目进行过程中，A公司委托第三方运输企业C公司承运该批货物，取得了C公司开具的适用税率为9%的交通运输服务增值税专用发票，并据此抵扣了相应的增值税进项税额（假设不考虑发票填写不规范等其他因素）。

A公司取得C公司开具的增值税专用发票，能否据以抵扣增值税进项税额？这一问题在实务中引发了不同观点的讨论。

有观点认为，A公司取得增值税专用发票，不属于增值税暂行条例中规定的“不得抵扣情形”，可以据实抵扣。有观点认为，A公司作为中间商，取得运输企业C公司开具适用税率为9%的交通运输服务发票，不符合增值税发票抵扣链条原理，进项税额不能进行抵扣。还有观点认为，A公司的业务实质，应认定为无运输工具承运业务，应按照交通运输服务缴纳增值税，同时可以抵扣该笔进项税额。

分析：

如果抵扣，可能存在“高进低销”问题

从增值税进项税额抵扣的相关政策来看，增值税暂行条例第十条以及《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税 〔2016〕36号，以下简称“36号文件”）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》，明确列举了不能抵扣增值税进项税额的项目。从上述政策来看，A公司取得运输发票进行进项税额抵扣，并未在上述规定的“不得抵扣进项税额”项目内。正因此，上述第一种观点认为可以据实抵扣。但笔者认为，这种观点有待商榷。

在运输业务环节，C公司从A公司处收到款项，并向其开具适用税率为9%的交通运输服务发票。在运输服务对象为自己的前提下，A公司取得C公司开具的增值税专用发票，相应的增值税进项税额可以抵扣，并没有问题。

但问题的焦点在于，实际接受运输服务的对象是B公司，A公司只是为其提供代理服务。从业务循环上看，运输代理公司A公司与客户签订的是全权代理合同，按照合同约定总金额，向客户开具适用税率为6%的代理服务增值税专用发票。此后，A公司与C公司签订委托协议，委托其代为运输客户的货物，并向其支付资金。这种情况下，如果A公司可以凭C公司开具的适用税率为9%的交通运输发票，计算抵扣相应的增值税进项税额，却又按照6%的税率，计算确认销项税额，将存在“高进低销”的问题。

观点：

扮演双重角色，不能“一”扣了之

笔者认为，要解决这个问题，最关键的还是应结合货物运输整个过程的业务实质，来进行分析。

36号文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》规定，货物运输代理服务，指接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶经营人的委托，以委托人的名义，为委托人办理货物运输、装卸、仓储和船舶进出港口、引航、靠泊等相关手续的业务活动，属于商务辅助服务中的经纪代理服务。36号文件同时规定，无运输工具承运业务，指经营者以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成运输服务的经营活动，应按照交通运输服务计算缴纳增值税。从业务实质上看，A公司以承运人身份与客户B公司签订合同，并在货物从甲市运输到乙市的过程中，全权负责货物的运输、装卸和仓储。在具体运输过程中，A公司又委托C公司负责实际承运。据此，A公司在此货物运输服务链条中，扮演着提供货物运输代理服务和无运输工具承运服务的双重角色。

基于此，笔者认为A公司应根据合理的分配原则，分别确认其提供货物运输代理服务和无运输工具承运服务的销售额，并分别向B公司开具适用税率为6%的代理服务发票，以及适用税率为9%的交通运输服务发票；A公司可凭C公司开具的适用税率为9%的交通运输服务发票，计算抵扣相应的增值税进项税额。

需要提醒的是，鉴于这一问题在实务中存在不同观点，笔者建议相关企业遇到这一问题时，应提前与主管税务机关就具体涉税处理方式进行沟通。在未得到明确答复前，应谨慎进行税务处理，防止不确定性风险。