《城镇医疗机构分类管理的实施意见》规定，我国各类城镇医疗机构划分非营利性医疗机构和营利性医疗机构。非营利性医疗机构在医疗服务体系中占主导地位，执行政府规定的医疗服务指导价格，一般包括各类政府医院、企业医院和其他非营利性医疗机构；营利性医疗机构实行医疗服务价格放开，依法自主经营，照章纳税，主要包括中外合资合作医院、国内私立医院、股份制医院和其他营利性医院。

《民法典》第九十五条规定：“为公益目的成立的非营利法人终止时，不得向出资人、设立人或者会员分配剩余财产。剩余财产应当按照法人章程的规定或者权力机构的决议用于公益目的；无法按照法人章程的规定或者权力机构的决议处理的，由主管机关主持转给宗旨相同或者相近的法人，并向社会公告。”同时根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》、《民办非企业单位登记暂行办法》、《基本医疗卫生与健康促进法》的规定，民办非营利性医疗机构盈利不得分配，解体时财产不得私分。这是民办非营利性医疗机构和营利性医疗机构最主要的区别所在。另外，根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》的规定，民办非企业单位受到登记管理机关和业务主管单位的双重监督管理。具体对于民办非营利性医疗机构而言，需接受登记管理机关—民政局和主管业务机关—卫健委的双重监督管理。因此，在民办非营利性医疗机构的注册成立、变更和注销登记、年度检查、违法查处等方面，均需经过卫健委和民政局的双重审查监督，且卫健委和民政局均具有法定的行政处罚权。民办营利性医疗机构民办最大优惠在于：投资收益归投资人所有；终止经营后的剩余财产归投资人；医疗服务自主定价。非营利性医疗机构和营利性医疗机构在纳税上有什么区别呢？

一、增值税。《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》(财税〔2016)36号附件三)第一条第(七)项规定：医疗机构提供的医疗服务免征增值税。医疗机构,是指依据国务院《医疗机构管理条例》(国务院令第149号)及卫生部《医疗机构管理条例实施细则》(卫生部令第35号)的规定,经登记取得医疗机构执业许可证的机构,以及军队、武警部队各级各类医疗机构。具体包括:各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、急救中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心,各级政府及有关部门举办的卫生防疫站(疾病控制中心)、各种专科疾病防治站(所),各级政府举办的妇幼保健所(站)母婴保健机构、儿童保健机构,各级政府举办的血站(血液中心)等医疗机构。“医疗服务”,是指医疗机构按照不高于地(市)级以上价格主管部门会同同级卫生主管部门及其他相关部门制定的医疗服务指导价格(包括政府指导价和按照规定由供需双方协商确定的价格等)为就医者提供《全国医疗服务价格项目规范》所列的各项服务,以及医疗机构向社会提供卫生防疫、卫生检疫的服务。

对于非营利性医疗机构中按照国家相关规定的价格所取得的医疗服务收入免征增值税。但营利性医疗机构的收费价格是自主确定的，‌具体来说，‌营利性医疗机构可以根据自身的成本和市场供求状况自主设定医疗服务价格，‌并且这种定价权不受政府直接干预。‌此外，‌营利性医疗机构在设定价格后，‌需要在其经营场所进行公示，‌并报相关主管部门备案，‌以确保价格的透明性和合规性。因此，营利性医疗机构提供医疗服务应当征收增值税。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内免征增值税。‌

非营利性医疗机构、营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，均应按法规征收增值税。对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税；对营利性医疗机构自产自用的制剂应当征收增值税，但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内免征增值税。‌

二、企业所得税。符合条件的非营利学校取得的下列收入为免税收入：（一）接受其他单位或者个人捐赠的收入；（二）除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；（三）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；（四）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；（五）财政部、国家税务总局规定的其他收入。但营利性医疗机构应当依法缴纳企业所得税。

三、房产税、城镇土地使用税和车船税。对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船税。对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船应当依法征收房产税、城镇土地使用税和车船税。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船税。3年免税期满后恢复征税。

四、契税。《中华人民共和国契税法》第六条规定，有下列情形之一的，免征契税：（一）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、军事设施；（二）非营利性的学校、医疗机构、社会福利机构承受土地、房屋权属用于办公、教学、医疗、科研、养老、救助；…。另据《财政部 税务总局关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2021年第23号）规定，用于医疗的，限于门诊部以及其他直接用于医疗的土地、房屋。因此，对营利性医疗机构承受土地、房屋权属应当依法缴纳契税。

五、耕地占用税。根据《中华人民共和国耕地占用税法》（中华人民共和国主席令第十八号）第七条规定：“军事设施、学校、幼儿园、社会福利机构、医疗机构占用耕地，免征耕地占用税。”另据《财政部 税务总局 自然资源部 农业农村部 生态环境部关于发布<中华人民共和国耕地占用税法实施办法>的公告 》（财政部公告2019年第81号）第九条规定：“免税的医疗机构，具体范围限于县级以上人民政府卫生健康行政部门批准设立的医疗机构内专门从事疾病诊断、治疗活动的场所及其配套设施。医疗机构内职工住房占用耕地的，按照当地适用税额缴纳耕地占用税。”

六、印花税。《中华人民共和国印花税法》第十二条规定：“非营利性医疗卫生机构采购药品或者卫生材料书立的买卖合同”免征印花税。但对营利性医疗机构采购药品或者卫生材料书立的买卖合同应当依法缴纳印花税。