目前，我国实行占用耕地补偿制度，即非农业建设占用多少耕地，就应补充多少数量和质量相当的耕地，根据《土地管理法》和《耕地占补平衡考核办法》等法律法规要求，以省（包括自治区、直辖市）为单位，应确保本行政区域内的耕地总量不减少。由于经济发展水平差异和土地资源分布不均衡，不同市县对耕地占用的需求也各不相同。为确保耕地总量不减少，优化土地资源配置，各省陆续出台管理办法，实现了补充耕地指标的跨市县转让。

根据增值税法规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当按照规定缴纳增值税。所称单位包括国有企业、集体企业、私有企业、股份制企业、其他企业和行政单位、事业单位、军事单位、社会团体及其他单位。因此，政府以及政府部门也是增值税纳税人。

根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件3营业税改征增值税试点过渡政策的规定：“一、下列项目免征增值税......（三十七）土地所有者出让土地使用权和土地使用者将土地使用权归还给土地所有者。（三十八）县级以上地方人民政府或自然资源行政主管部门出让、转让或收回自然资源使用权（不含土地使用权）。”根据《营业税改征增值税试点实施办法》(财税〔2016〕36号）规定:销售无形资产属于增值税征税范围。无形资产是指不具实物形态，但能带来经济利益的资产，包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产。其他权益性无形资产,包括基础设施资产经营权、公共事业特许权、配额、经营权(包括特许经营权、连锁经营权、其他经营权)、经销权、分销权、代理权、会员权、席位权、网络游戏虚拟道具、域名、名称权、肖像权、冠名权、转会费等；自然资源使用权包括土地使用权、海域使用权、探矿权、采矿权、取水权和其他自然资源使用权。由此可见，企业转让购买耕地的指标属于其他权益性无形资产--配额。政府转让补充耕地指标不属于“自然资源使用权”，也不属于“土地使用权”，并无增值税免税政策。并且《国家税务总局关于明确中外合作办学等若干增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2018年第42号）明确规定，纳税人通过省级土地行政主管部门设立的交易平台转让补充耕地指标，按照销售无形资产缴纳增值税，税率为6%。

补充耕地指标出让方一般为各地人民政府或土地行政管理部门，个别地方也有企业、社会资金投资的补充耕地项目。因此，增值税纳税主体即是出让方，也就是各地人民政府或土地主管部门或企业或社会资金投资的补充耕地项目的出让人。在适用税率上，一般纳税人适用6%税率。但对小规模纳税人适用3%征收率（现行政策为1%）。