关于建筑施工领域的农民工工资代付，《保障农民工工资支付条例》（国务院令第724号，下称《条例》）第三十一条是这样规定的，工程建设领域推行分包单位农民工工资委托施工总承包单位代发制度。分包单位应当按月考核农民工工作量并编制工资支付表，经农民工本人签字确认后，与当月工程进度等情况一并交施工总承包单位。施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证。

农民工工资专用账户开立方为施工总承包单位，上连业主，下连农民工，中间还有可能涉及劳务分包单位和班组，因此，相关各方应关注其财税处理要点。

1、业主的处理

对业主而言，支付工程款时须关注当地对人工费支付比例的规定，一般是20%-30%。即，业主应在支付每期工程进度款时，分劈出一定比例的人工费，将其支付至总承包单位的工资专用账户，剩余部分按照合同约定支付至总承包单位的银行账户。

向农民工工资专户的支付，只是监管部门的资金特殊要求，不改变甲乙双方的合同关系和交易实质，业主应取得总包方开具的100%的工程款发票，并计入其工程成本。

有的地区还有工资预储金的要求，即在工程开工之初或之前，业主应按照工程造价的一定比例全额预支资金至专户，专门用来保障本工程的农民工工资支付，工程计量和结算时再按照规定或者约定分期扣回。这种情况下，业主应当按照工程预付款的方式进行处理，即支付时计入预付账款，分期扣回时凭发票计入成本。

2、总承包单位的处理

1.施工总承包单位是农民工工资专用账户的开立方，其中的资金属于总包单位的货币资金，工程完工且未拖欠农民工工资的，施工总承包单位公示30日后，可以申请注销农民工工资专用账户，账户内余额归施工总承包单位所有。因此，总包单位应当对其增减变动和结存情况进行核算，期末余额列入货币资金项目。

2.《条例》第三十三条规定，除法律另有规定外，农民工工资专用账户资金和工资保证金不得因支付为本项目提供劳动的农民工工资之外的原因被查封、冻结或者划拨。因此，若出现不合规查封或冻结，总包单位应及时提出异议。

3.工资专用账户收取的资金，总承包单位尽管无法自由调动，其用途仅限于支付本项目的工人工资，且通常是随收随支，但本质上它属于总包单位收取的工程进度款，因此收款时需要确认增值税纳税义务，并履行异地预缴税款的义务。

4.总承包单位对分包单位提交的工资支付表经审核无误，通过专户向工人支付工资时，视同向分包单位支付工程款，应当取得分包方开具的增值税发票。

需注意，如分包再有分包或班组，通过专户支付的资金流可能与发票流出现不一致，但这是正常现象。

例A公司为某项目的施工总承包单位，B公司为A公司该项目的专业分包单位，C公司为B公司该项目的劳务分包单位，A公司自行雇佣工人若干人。本月A公司通过专户支付该项目工资100万元，其中自有工人工资20万元，B公司工人工资30万元，C公司工人工资50万元。

资金流：A公司专户—>自有工人工资账户20万元，A公司专户—>B公司雇佣的工人工资账户30万元，A公司专户—>C公司雇佣的工人工资账户50万元。

发票流：依照合同关系开具，A公司以自有工人工资表入账20万元，以B公司开具发票入账80万元，人工费入账成本共计100万元；B公司以工资表入账30万元，以C公司开具发票入账50万元，人工费入账成本共计80万元；C公司以工资表入账50万元。

5.个人所得税扣缴按照雇佣关系处理，即谁以工资表作为税前扣除凭证，谁就是工资表上工人个税的扣缴义务人。上例中，A负责自有工人20万元的扣缴，B负责30万元的扣缴，C负责50万元的扣缴。

3、分包单位的处理

分包单位也应当关注资金流与收入成本确认的差异。

1.代付模式下，当总包单位通过专户向分包单位雇佣的工人支付工资时，分包单位应当视同收取工程款，要开具发票，确认收入，同时等额确认应付职工薪酬。涉及异地施工的，还需要预缴税款。

2.分包单位制作的工人工资表，属于分包单位的税前扣除凭证，计入本单位的成本费用。

3.工人工资表上应当显示扣缴个税的过程，比如工资表上应显示税前工资31万元，应扣个税1万元，税后工资30万元。税前工资是成本入账金额，税后工资是总包通过专户代付的金额（工人到手工资金额）。

小结

工资代付模式在实务中可能还会遇到更复杂的问题，比如：