房地产开发企业销售开发的商品房，在未达到土地增值税清算条件之前，按照预收的房款先预缴土地增值税。待达到土地增值清算条件后，依法进行土地增值税清算，清算之前已销售的房屋应当缴纳土地增值税，扣除清算之前已预缴的土地增值税，计算应补或应退土地增值税，即多退少补。土地增值税清算相应确认了普通住房、非普通住房以及非住房的单位成本扣除标准，所以，在土地增值税清算之后销售的房屋，分别按照普通住房、非普通住房以及非住房的单位成本扣除成本乘以销售或者转让面积作为扣除项，再扣除相应销售缴纳的税费，从而计算尾盘销售房屋应缴纳的土地增值税。如果房地产企业在土地增值税清算后，销售自用或出租了一段时间的房屋如何计算缴纳土地增值税呢？

根据《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字〔1995〕48号)第七条规定:“新建房是指建成后未使用的房产。凡是已使用一定时间或达到一定磨损程度的房产均属旧房。使用时间和磨损程度标准可由各省、自治区、直辖市财政厅(局)和地方税务局具体规定。”对于在土地增值税清算中新建房与旧房的界定，各地根据不同情况制定了详细政策。如《湖北省财政厅 湖北省地方税务局转发关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（鄂财税发〔1995〕544号）规定，凡是建成未交付使用的房产均属新建房；凡是已经交付使用，不论时间长短或磨损程度大小，均属旧房。湖北省税务局《土地增值税征管工作指引(试行)》（鄂税财行便函〔2021〕9号）第四十条规定：“有下列情形之一的，转让时按照旧房计算土地增值税：(一)房地产开发企业将新建房地产办理不动产首次登记后转为自用或出租的。(二)在房地产市场转让的存量房地产。”因此，房地产企业销售自己使用过的或出租了一段时间的房屋，不能按照尾盘销售计算缴纳土地增值税，应当按照销售旧房计算缴纳土地增值税。

根据财税字〔1995〕48号第十条规定：转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金，作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。因此，房地产企业销售使用过的旧房，土地成本的扣除是按照土地增值税清算时允许扣除的土地单位成本进行扣除。旧房及建筑物扣除是根据政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率确定。房地产企业销售使用过的旧房，如果不能提供重置评估价格，地方税务机关可以根据《中华人民共和国税收征收管理法》第35条的规定，实行核定征收。